Вербински покинул пост из-за пересчитанного бюджета: в целях экономии студия решила снимать заграницей и пользоваться налоговыми льготами, а Гор параллельно с «Биошоком» работает над мультфильмом студии Paramount «Рэнго*» и не может выехать из страны. Заменой ему стал Хуан Карлос Фреснадильо, постановщик «Интакто» и «28 недель спустя».
Действие игры разворачивается в подводной утопии, погрязшей в разделении власти. Круговерть событий захватывает главного героя Джека, попавшего на океанское дно в результате авиакрушения.