Сюжет вместе с пятью учеными на борту погружается на батискаф и проходит миниатюризацию – чтобы по венам добраться до тромба в мозгу коллеги микронавтов и спасти того от неминуемой смерти. Ситуация усугубляется крайне агрессивным поведением белых кровяных телец, незапланированным попаданием в другие части человеческого тела и присутствием русского шпиона-диверсанта на борту.
Схожая фабула уже послужила основой для комедии Джо Данте «Внутреннее пространство», а сам Эммерих десять лет назад примеривался к римейкизации, но спасовал под грузом сторонних обязательств.